El protagonista de los días posteriores será el fuerte temporal que durará hasta el 27 de Octubre, la batalla se había saldado con una derrota aliada, de los 33 navíos que formaban la flota combinada, solo 15 habían logrado retirarse sin arriar el pabellón, los otros 18 se habían rendido a los británicos.
Mientras Dumanoir, que se había retirado por el Oeste con el Formidable en cabeza, seguido del Montblanc , Scipion y Duguay Trouin trata de volver a Francia, Gravina entra en Cádiz con el Príncipe de Asturias a remolque, seguido de los navíos españoles Rayo, San Leandro, San Francisco de Asís, San Justo y Montañes y los franceses Argonaute, Pluton, Heros, Indomptable y Neptune.
Antes de morir Nelson ha dejado orden para que la flota fondee hasta que pase el temporal, pero Collingwood con el Victory, Royal Sovereign, Temeraire, Mars, Colossus, Tonnant, Bellerephon, Belleisle, Achilles, Defiance y Revenge muy dañados y las presas aliadas a remolque decide acertadamente desoírle y correr el temporal en mar abierto.
Una vez llegan a Cádiz los 11 navíos restantes de la escuadra combinada, rápidamente se reasignan las dotaciones y organiza una flotilla con los barcos en mejor estado para salir tras los ingleses y sus presas.
Durante la noche del 21 la tripulación del Aigle reduce a los ingleses y consigue llegar frente a TorreGorda donde fondean en espera de que mejore el tiempo.
El 22 de Octubre, el Redoutable a remolque del Swiftsure ingles comienza a hundirse sobre las 1700 horas, a pesar de que se arrían los botes para rescatar a la dotación de barco francés, la mar y el fuerte viento hacen imposible el traslado de los heridos. El Redoutable acaba hundiéndose a las 1900 horas con parte de su valerosa dotación. El Santísima Trinidad remolcado por los tres puentes Prince y Neptune correrá parecida suerte y se hundirá a pesar de los esfuerzos ingleses por salvarlo, con el se llevará las almas de más de 80 heridos.
Ese mismo día las tripulaciones del Algesiras y Bucentaure han vuelto a tomar el control de los barcos y tratan de volver hacia Cádiz, de estos dos, sólo lo conseguirá el Algesiras, mientras que el Bucentaure se perderá en la recalada. El mal tiempo ha desperdigado a la flota inglesa y hace que las tripulaciones de presa no sean suficientes para gobernar y controlar los navíos capturados sin la ayuda de las dotaciones de estos, esto explica los levantamientos y reapresamientos de los barcos rendidos. Para evitar esto, los propios ingleses quemaran y abandonaran a parte de las presas, así, éste será el camino que sigan el Fougueux, Berwick, y Argonauta.
El 23 de octubre a pesar de que el temporal estaba arreciando, la flotilla que había partido desde Cádiz compuesta por las fragatas, los navíos españoles, Rayo, San Franciasco de Asis, San Justo y Montañes y los franceses Pluton, Heros y Neptune, avistan al Santa Ana y al Neptuno que están siendo remolcados por los ingleses hacia Gibraltar. La presencia de la flotilla hace que los ingleses suelten sus presas, el Santa Ana es cogido a remolque por la fragata Themis y conseguirá entrar en Cádiz mientras que el desarbolado Neptuno se perderá en las costas de el Puerto de Santa Maria, desafortunadamente la misma suerte correrán los integrantes de la flotilla Rayo y San Francisco de Asís al intentar arribar a Cádiz..
El Indomptable que había quedado fondeado en la Bahía por estar muy dañado acabará yéndose contra el bajo del Diamante empujado por el fuerte levante, sólo pudiéndose salvar 250 hombres de su dotación.
De los 18 barcos rendidos por los britanicos, y teniendo en cuenta que el Achille no llego a ser apresado, ya que explotó antes, los ingleses sólo conseguirán salvar y llevar a Gibraltar a cuatro, el San Juan Nepomuceno, Swiftsure, Bahama y San Ildefonso.
El Almirante Rosily llegará Cádiz el 25 de octubre para relevar a Villeneuve, encontrándose con los restos de lo que fue una gran escuadra y solamente 5 barcos en condiciones de combatir, por lo que decide no salir y quedar al abrigo de la ciudad en espera de ordenes.
El número de bajas españolas fue de 35 jefes y oficiales y 1022 marineros y soldados muertos, y 31 jefes y oficiales y 2405 marineros y soldados heridos. El de las francesas fue mayor, por lo que los aliados perdieron más de 7000 hombres. Las bajas inglesas fueron 449 muertos, entre ellas la de su mejor Almirante y 1241 heridos, en total, 1690 bajas.
El 4 de noviembre, la tragedía se redondeara, cuando los cuatro navíos al mando de Dumanoir que se habían retirado hacia Francia, tras haber costeado el litoral portugués fueron sorprendidos y rendidos junto al cabo Ortegal por la escuadra del vicealmirante Strachan.