El Bucentaure (80) soporta ahora el fuego de tres navíos ingleses. Como ya ocurrió en la batalla de Abukir, donde el almirante Brueys desde su buque insignia, L´Orient (120), pidió desesperadamente el apoyo de los barcos de Villeneuve hasta que saltó por los aires, es ahora Villeneuve, en su apurada situación, el que recuerda Abukir, tras haber hecho señales durante todo el combate a la vanguardia de Dumanoir para que virase y acudiese en apoyo de la retaguardia y del centro.
Mientras que Dumanoir continuaba marchando hacia el norte alejandose de la acción, algunos navíos españoles y franceses decidieron virar y acudir por su cuenta y riesgo en auxilio del centro. El San Francisco de Asís (82), el San Agustín (80) y el Rayo (100), de tres puentes, avanzan desde sotavento, seguidos de los franceses Héros (74) e Intrépide (74), gobernando derechos sobre el Santísima Trinidad (140) que se bate duramente contra el Leviathan (74) por babor, el Africa (64) que se ha incorporado desde el Norte y le ha cortado la proa, y sin poder responder al fuego lejano del Conqueror (74) que le barre la popa.
El Bucentaure (80), insignia de la flota combinada, se rinde con más de 200 bajas. Villenueve intenta pasar a otro barco para seguir el combate pero no dispone de ningún bote y es capturado a bordo.
En el sur la situación del Belleisle (74), rodeado por el Aigle (74) y Swiftsure (74) aliados, es crítica y está a punto de ser rendido de no ser por la oportuna llegada del Revenge (74), el Defiance (74) y el Swiftsure (74) inglés, que restablecen la supremacia británica.
Las cubiertas del Santa Ana (120) son un mar de sangre tras casi dos horas de combate cerrado, donde las carronadas del Royal Sovereing (100) han impuesto su ley, aun así, continua respondiendo al fuego del ingles. En peor situación está el Algesiras (74), que ya ha cesado el fuego de cañon aunque todavía no se rinde.
Tras la rendición del Bucentaure, los británicos concentraron sus esfuerzos contra el Santísima Trinidad (140), reforzando al Leviathan (74) y Africa (64) con el tres puentes Neptune (98) y por el Conqueror (74), rodeado de un círculo de fuego, el barco del general Cisneros no se rinde y raso como un pontón queda a la deriva con más de 600 muertos y heridos. Los cinco navíos de la vanguardia aliada que han dado la vuelta van llegando escalonadamente debido a la débil brisa para encontrarse con ingleses reforzados por los seis barcos más retrasados de la columna de Nelson, que todavía no han intervenido en la acción, el Britannia (100) de tres puentes, el Ajax (74), el Orion (74), el Agamemnon (64), el Minotaur (74) y el Spartiate (74).
Se rinde el Santa Ana (120) con 400 bajas a bordo, entre ellas la del valeroso Teniente General Alava. El Royal Sovereing estaba tan dañado que Collingwood decide abandonarlo y embarcar en una fragata para seguir el combate desde otro navío.
El Algesiras (74) totalmente destrozado y con 450 bajas se rinde al Tonnant (80) tras haber muerto el fogoso Contra-almirante Magón en la acción.
La retaguardia se cañonea intensamente con el resto de la columna inglesa que se abate sobre ella
La proximidad de los barcos que ha dado la vuelta hace que los ingleses, al no poder abordar el Santísima Trinidad, se centren en el nuevo peligro que se avecina. Así, hasta casi el final de la batalla nadie tomará el barco español que queda al pairo y desarbolado como testigo de la situación.
Tres de los barcos de la vanguardia que primero dieron la vuelta, el Rayo (100), el San Francisco de Asís (82) y el Héros (74) rodean la barrera de navíos enemigos y se dirigen hacia la retaguardia, donde aún resiste Gravina.
Dumanoir ha dado orden de virar a lo que le queda de vanguardia, aunque ya es tarde para apoyar al deshecho centro aliado.
Al sur, el Berwick (74) ha entablado combate con el Achilles (74), mientras recibe por la aleta el fuego del tres puentes Dreadnought (98), que acabará barriendole la popa al pasar.
El San Agustín (80), no consigue pasar para apoyar al Santisima Trinidad (140) como pretendia y entabla duro combate con el Minotaur (74) que se acaba de incorporar a la acción, posteriormente también tendrá que hacer frente al Spartiate (74) y el Leviathan (74).
Dumanoir con el Formidable (80) en cabeza, seguido del Montblanc (74), el Scipion (74), el Duguay Trouin (74), pasa a barlovento por el través del Victory, encontrandose con el centro aliado arrasado y con los navíos ingleses, preparados para recibirle, por lo que, considerado inútil intervenir orzando se aleja por el oeste.
El Neptuno (80) que ha abandonado la columna de Dumanoir al virar, se lanza en apoyo del San Agustín (80) que esta a punto de ser rodeado por dos navíos más.
El Fougeux (74) atacado por el tres puentes Temeraire (98), procedente de la primera columna, es obligado a rendirse. El Spartiate (74) abandona al San Agustin (80) y se prepara para hacer frente al Neptuno (80) que se acerca velozmente desde el norte.
Más al sur, El Argonauta (92), al mando de Pareja, se rinde al Belleisle (74), tras haberse cañoneado con el maltrecho Tonnant (80). El Berwick (74) es rendido por la artilleria del Achilles (74) y del Defence (74). El Aigle (74) es rendido por el Revenge (74). El Swiftsure (74) francés es dejado fuera de combate por el fuego combinado del Colossus (74)y el Bellerophon (64).
El Achille (74) tras cañonearse en inferioridad al cruzarse con el Dreadnought (98), entabla combate con el Polyphemus (64). El San Juan Nepomuceno (82) de Churruca se dirige en apoyo del ya rendido Berwick. Mientras, el Principe de Asturias (118) cañonea al Thunderer (74) que mantiene la distancia, sin acercarse demasiado, a sotavento de este.
Muere Nelson consecuencia del disparo de mosquete recibido desde el Redoutable.
El Monarca (80) mandado por Argumosa ha dado la vuelta para acudir en apoyo del Bahama (78) que con el brigadier Alcalá Galiano al mando se acabará rindiendo al Colossus (74).
La situación del Achille (74) se complica con la llegada del Swiftsure (74) que toma el relevo del Polyphemus (64).
El San Juan Nepomuceno (82), al mando de Churruca, es atacado por el Achilles (74), Defiance (74), y Tonnant (80), su heroica resistencia hace que varios navíos ingleses acudan para batirlo, entre ellos el Dreadnought (98), de tres puentes. Churruca desangrándose continua dirigiendo el fuego, ordenando que no se arríe la bandera mientras viva. Completamente desarbolado, raso como un pontón y rodeado por enemigos, continua respondiendo al fuego sabedor que no le queda otro escape. Con más de 400 muertos y heridos abordo el San Juan Nepomuceno se rinde tras morir Churruca.
El Principe de Asturias (118) se bate con el Polyphemus (64) por babor, con el Defiance (74) por estribor, y con el Thunderer(74) que se ha acercado por su aleta de estribor al ver a los otros barcos ingleses.
El San Agustín (80), al mando de Cagigal, se está hundiendo. Después de increíble resistencia y tras repeler dos abordajes, la tripulación restante lucha cuerpo a cuerpo con los asaltantes en la toldilla, es tal la situación, que los ingleses aceptan que no se arrie la bandera, que yace en la banda, a condición de poder evacuar el barco antes de que se hunda.
El Monarca (80) al mando de Argumosa se rinde al Bellerophon (64)
El Neptuno (80) se rinde rodeado por el Minutaur (74) y Spartiate(74), tras haber soportado también el fuego del agamenon (64)
En la retaguardia resiste un último grupo de navíos alrededor del Príncipe de Asturias insignia de Gravina. Rendido el San Juan Nepomucemo (82), la situación de este se complica, ya no solo tiene que batir al Defiance (74), el Polyphemus (64), y Thunderer (74), la llegada del dañado Swiftsure (74), y la proximidad del Defence (74) y de los tres puentes Prince (98) y Dreadnought (98), le hace combatir con cinco enemigos a la vez. Desde el norte llegan en su defensa el Pluton (74) y el Neptune (80) franceses.
El Aigle (74) tras combatir en inferioridad con el Polyphemus (64) y Swiftsure (74) se ha convertido en una pontóna y con más de 400 bajas se rinde al pesado tres puentes ingles Prince (98), que entra tarde, pero fresco en la batalla, serán las andanadas de este las que hagan arder al navío galo para acabar explotando.
Gravina encontrandose herido y viendo que la batalla estaba perdida, decide retirarse a Cádiz, toma remolque de la fragata Themis y con su desarbolado navío escoltado por el Montañés (80), el San Justo (83) y el San Leandro (71), españoles, y los franceses Indomptable (80), Neptune (80), Pluton (74), Argonaute (74) y Héros (74), se retira hacia el norte, sin que los británicos, con bastantes navíos muy dañados, se lo impidieran, ni intenten perseguirlo.
Al norte, distante de la retirada aliada, el Intrépide (74), con más de 300 bajas y raso como una tabla, tras luchar con cinco contrarios cierra sus portas para rendirse.
La explosión del Aigle y la rendición del Intrepide marcan el fin de la Batalla.